Lambang Seminari Menengah Waena diawali dengan sebuah lingkaran yang disangga oleh Salib. Lingkaran melambangkan persaudaraan yang dilahirkan oleh Salib Kristus. Salib Kristus menjadi lambang spiritualitas untuk Semeniari Menengah Santo Fransiskus Asisi Kesukupan Jayapura di Waena. Di dalam lingkaran bagian dalam terdapat beberapa simbol, yakni:

Huruf S yang melingkar dengan posisi tidur melambangkan aspek-aspek pembinaan di Seminari Menengah Santo Fransiskus Asisi Waena. Bentuk huruf S juga melambangkan beberapa motif khas daerah di Papua. Salah satunya adalah daerah Sentani, yakni lambang ombak danau Sentani. Danau Sentani sangat berarti bagi kehidupan orang di sekitarnya

Lidah api melambangkan Roh dan Kebenaran. Empat lidah api ini adalah lambang 4 (empat) aspek pembinaan di Seminari Menengah Waena: Sanctitas, Scientia, Sanitas, dan Solidaritas. Keempat aspek ini harus dijiwai oleh Roh dan Kebenaran untuk memurnikan panggilan yang sementara bertumbuh dalam diri setiap seminaris.

COKLAT sedikit KEMERAHAN pada huruf S. Warna – warna itu melambangkan tanah Papua yang subur

MERAH pada keempat lidah api yang berangsur-angsur menuju KUNING. Warna-warna itu melambangkan keberanian, kesediaan, dan semangat kegembiraan yang berkobar-kobar untuk dimurnikan dengan api Roh Kudus

BIRU melambangkan awan dan laut. Juga sebagai warna khas Seminari Menengah Waena (intelektual)

KUNING yang berangsur-angsur menjadi HIJAU melambangkan rawa-rawa dan kesuburan tanah Papua