Berdasarkan uraian sejarah di atas tampak pendirian seminari menengah yang saat ini menjadi Seminari Menengah Santo Fransiskus Asisi Keuskupan Jayapura didasari akan kesadaran bahwa belum ada seorangpun putra daerah berkarya sebagai imam pada tahun 1962. Dengan kata lain tujuan pendirian seminari menengah adalah untuk menyiapkan dan menghasilkan calon imam yang diutamakan berasal dari putra daerah Papua atau putra kelahiran Papua guna memenuhi kebutuhan akan imam yang akan berkarya di wilayah tanah Papua khususnya di wilayah Keuskupan Jayapura.
Menyiapkan dan menghasilkan calon imam yang diutamakan berasal dari putra daerah Papua atau putra kelahiran Papua guna memenuhi kebutuhan akan imam yang akan berkarya di wilayah tanah Papua khususnya di wilayah Keuskupan Jayapura.
Selama ini, pendidikan formal bagi para seminaris dilakukan di SMA Teruna Bakti Waena. Sementara proses pendidikan nilai (karakter), mental-spiritual di Seminari Santo Fransiskus Asisi. Namun dalam awal tahun 2016, mulai ada wacana untuk membangun sebuah lembaga yang dapat menyelenggarakan pengajaran dan pendidikan secara menyeluruh-holistik di komplek seminari sendiri.
Wacana ini mengarah kepada Sekolah Menengah Agama Katolik (SMAK) Seminari Santo Fransiskus Asisi. Hal ini merujuk pada Peraturan Pemerintah nomor 55 tahun 2007, tanggal 5 Oktober 2007, Tentang Pendidikan Agama dan Keagamaan, khususnya pasal 31-37, tentang Pendirian dan pengelolaan Sekolah Menengah Agama Kattolik (SMAK) yang bernaung dibawah Kementerian Agama RI, cq. BIMAS Katolik. Atas dasar kebutuhan dan peluang ini, maka wacana pendirian SMAK Seminari Santo Fransiskus Asisi untuk Keuskupan Jayapura diseriusi dan disetujui oleh Bapak Uskup Leo Laba Ladjar, OFM, dengan Surat Keputusan Nomor: 178/2016/1.1.1
Dirasa sangat dibutuhkan sebuah Sekolah Menengah Agama Katolik di Keuskupan Jayapura. Sebab secara geografis, Keuskupan Jayapura sangat luas (daerah dataran rendah: rawa-lembah dan daerah dataran tinggi: bukit-gunung) dengan jumlah umat yang banyak dan tersebar.
Dengan keadaan geografis dan demografis seperti yang dijelaskan di atas, maka paroki-paroki yang cukup banyak di Keuskupan Jayapura juga lahir dan didirikan mengikuti keadaan demikian. Oleh karena itu, pada beberapa tahun yang lalu, ada beberapa paroki tidak dilayani oleh seorang imam. Jika ada seorang imam pun, tak mampu seorang diri melayani paroki yang luas dengan medan yang berat. Maka peran guru agama dan katekis sangat mendukung seorang pastor di Paroki. Namun, guru agama dan katekis juga belum tersedia secara memadai. Dengan demikian, maka kehadiran SMAK Seminnari Santo Fransiskus Asisi disambut dengan gembira untuk melahirkan calon-calon imam dan tenaga pastoral yang handal-kualitas dan profesional.
Kedua lembaga pendidikan tinggi ini membutuhkan calon mahasiswa, dan jalur yang cocok untuk melahirkan calon mahasiswa untuk kedua lembaga ini adalah SMAK Seminari Santo Fransiskus Asisi. Tentu, sekolah menengah yang lain juga bisa, namun kurikulum yang disediakan untuk SMAK Seminari Santo Fransiskus Asisi sangat relevan untuk kedua Lembaga Pendidikan Tinggi ini daripada Sekolah Menengah yang lain.
Rencana pendirian Seminari menjadi SMAK sudah dibicarakan jauh sebelum didirikan. Pembicaraan dilakukan secara formal mau pun tidak formal. Beberapa kali pihak seminari bertukar pikiran dengan pihak Kementerian Agama Propinsi Papua mengenai SMAK-SMAK yang didirikan oleh Kementerian Agama di seluruh Indonesia. Pembicaraan lepas itu berujung pada pembicaraan yang serius mengenai pendrian SMAK Seminari ini.
Akhirnya pada tanggal 02 Mei 2016, Rektor Seminari (P. Paulus Wolor, Pr) dan wakil Rektor Seminari (P. Yohanes Hendrikus Klau, Pr), bertandang ke Kantor Kementerian Agama Propinsi Papua yang beralamat di Jalan Raya Abepura – Entop, Jayapura Selatan – Kota Jayapura – Papua. Tujuan kehadiran kedua Pastor ini adalah untuk mendengarkan dan bertukar pikiran dengan Pihak Kementerian Agama dalam hal ini bidang BIMAS Katolik. Yang hadir dalam pertemuan itu adalah: Bapak Daniel Dakus (Kepala Bidang BIMAS Katolik), Bapak Fransiskus Kariyanto dan Bapak Yohanes Nahak.
Banyak hal yang dibicarakan mengenai rencana pendirian SMAK Seminari ini. Akhir dari pembicaraan ini, disepakati untuk kedua pihak ini (Pihak Seminari dan Pihak Kemenag) untuk pergi bertemu dengan Bapak Uskup Keuskupan Jayapura (Mgr. Leo Laba Ladjar, OFM) untuk menyampaikan berbagai hal mengenai rencana pendirian SMAK Seminari ini.
Beberapa hari kemudian kedua pihak ini bertandang ke Kantor Keuskupan Jayapura untuk bertemu dengan Bapak Uskup. Setelah mendengar penjelasan dari pihak Seminari maupun pihak Kemenag, Bapak Uskup memberikan sejumlah catatan dan tahapan-tahapan yang perlu dipersiapkan yakni pembentukan Tim Kerja, menyusun Proposal pendirian SMAK Seminari dan mengundang tokoh-tokoh umat dan pemerhati pendidikan mengadakan pertemuan dan untuk menyampaikan maksud dan tujuan dari rencana pendirian SMAK Seminari. Ketiga tahapan ini dibuat dan dilaksanakan dengan baik.
Akhirnya pada tanggal 13 Juni 2016, Bapak Uskup Keuskupan Jayapura mengeluarkan Surat Keputusan dan memberikan rekomendasi Pendirian SMAK Seminari Santo Fransiskus Asisi Jayapura dengan Nomor: 178/2016/1.1.1. Atas dasar Surat Keputusan tersebut, SMAK Seminari Santo Fransiskus Asisi Jayapura mulai beroperasi sambil menunggu surat izin operasional dari Kementerian Agama Republik Indonesia. Pada akhirnya pada bulan November 2016, Dirjen BIMAS KAtolik RI mengeluarkan Surat Izin Operasional SMAK Seminari Santo Fransiskus Asisi Jayapura dengan SK. 483 tahun 2016 dan Nomor NPSN: 69961579.
Sebagaimana telah diterangkan pada poin sebelumnya bahwa rencana tentang pendirian Seminari ini menjadi satu lembaga pendidikan formal telah direncanakan jauh sebelumnya.
Proposal permohonan Izin Operasional SMAK Seminari Santo Fransiskus Asisi Jayapura diajukan pada tanggal 24 Juni 2016 dengan nomor: 15/LF-SEKR/VI/2016
Tim Surveier Bimas Katolik turun kelapangan pada bulan Agustus 2016
Ijin Operasional dikeluarkan oleh Dirjen Bimas Katolik pada bulan November 2016 dengan nomor SK. 483 tahun 2016 dan Nomor NPSN: 69961579
Proses pelaksanaan KBM Awal dimulai pada tanggal 15 Juli 2016 dengan siswa angkatan pertama sebanyak 23 orang siswa
Gedung yang digunakan adalah gedung ruang Studi (kelas) milik Seminari Santo Fransiskus Asisi Jayapura
Sejak berdirinya SMAK Seminari Santo Fransiskus Asisi Jayapura sudah dipimpin oleh dua Kepala Sekolah yakni P. Paulus Wolor, Pr (Periode 2016-2018) dan Damianus D. Kumanireng, S.Si., M. Pd (Periode 2018-sekarang)
SMAK Seminari sudah menyenggarakan pendidkan selama 5 tahun dan sudah menamatkan 3 angkatan dengan perincian:
(Data siswa per angkatan yang lengkap bisa dilihat pada data Sekolah)
SMAK Seminari sudah mengadakan Akreditasi Sekolah untuk pertama kalinya pada tahun 2019 dan memperoleh predikat Akreditasi “B”