Menghasilkan tamatan SMAK Seminari sebagai manusia utuh dan unggul yang memiliki:
Iman dan kehidupan rohani, yang mampu berserah diri kepada Tuhan Yesus Kristus di dalam doa, bermatiraga dan peka terhadap hati nurani
Pengetahuan dan keterampilan yang berkemampuan menguasai Iptek
Kepribadian sosial yang berkemampuan penalaran, rasa penasaran, sikap perilaku dan seksualitas yang sehat dan mampu bersikap terbuka, akrab, peka serta bersedia melayani secara sehat
Kesadaran dan tanggung jawab untuk hidup bersih dan sehat dalam semangat cinta terhadap lingkungan hidup
Kemampuan membangun kehidupan bersama dalam terang Injil yang berakar dalam budaya Papua